École d’été de microscopie 2026

Publié le 16 juillet 2026

L’école d’été de microscopie a eu lieu les 25 et 26 mai 2026, à McGill, juste avant la rencontre annuelle de la société canadienne de microscopie. Une centaine de personnes, de la communauté étudiante comme de la communauté professionnelle, y ont pris part. Les thèmes couverts allaient des bases de plusieurs techniques de microscopie jusqu’à des approches plus spécialisées, permettant aux personnes qui découvrent ces méthodes autant que les utilisatrices et utilisateurs plus expérimentées d’y trouver du contenu adapté à leurs besoins.

École d’été : des formations accessibles dans des domaines variés de la microscopie

La première journée était consacrée à des cours théoriques couvrant différents niveaux d’expertise. Des formations d’introduction ont permis aux personnes qui se familiarisent avec les techniques de microscopie d’en apprendre plus sur les principes fondamentaux de la microscopie électronique à balayage couplée d’EDS (avec Raynald Gauvin) ou la microscopie électronique à transmission couplée d’EDS (avec Nadi Braidy). Anthony Smith a également donné un cours d’introduction à la microscopie à Rayons X. Des conférences plus spécialisées abordaient des développements récents comme la microscopie électronique en transmission à balayage 4D ou les systèmes FIB-SEM (avec Lothar Houben et Philippe Plamondon respectivement).

Témoignage de Benjamin Rudksi, étudiant

« This May, I was honoured to participate in the Microscopy Society of Canada summer school. This summer school was very accessible, enabling attendees in a variety of fields to learn from the content that was presented.

As someone who analyses micro-computed tomography (µCT) volumes for my research, the summer school provided a great opportunity to step outside of my typical niche and learn about fluorescence microscopy techniques, including confocal and super-resolution approaches. These lectures, delivered by Dr. Joel Ryan and Dr. Tali Dadosh, were very thought-provoking and inspiring. I was pleased with the new knowledge I took away from these talks; even if the content was not directly applicable to my current work, it helped answer some questions I had and it may be of use later in my academic career.

In addition to these talks on scientific tools and techniques, I very much enjoyed the sessions on scientific soft skills. Through the lecture on image data and metadata management, delivered by Dr. Claire Brown, I learned about tools for keeping track of large imaging datasets, such as Omero. Moving forward, I’m hoping to implement these approaches to help organise and categorise the datasets that I use in my own research.

Similarly, the lectures on preparing scientific figures, delivered by Dr. Youssef Chebli, Dr. James Weaver and Elvis Branchini, will certainly benefit my work. In the few weeks since the conference, these two lectures have helped me think more about how to arrange and present my results in a clear and meaningful way without overwhelming readers and audience members.»

Shumeng Jia a donné une formation sur les astuces pratiques pour la microscopie à rayons X. Le principal message y était qu’un microscope à Rayons X est simplement une autre caméra, et comme toute autre caméra, il rend fidèlement compte du spécimen ainsi que ses artefacts. « Il est donc important de demeurer vigilant au sujet des images qu’on collecte, rester sceptique durant le traitement des images, et de ne pas prendre les recommandations du manufacturier ou les processus par défaut pour acquis ».

La deuxième journée de l’école d’été de microscopie était consacrée à des ateliers pratiques en groupes restreints, dans un contexte d’apprentissage interactif, permettant aux participantes et participants de manipuler les outils et poser des questions directement aux spécialistes.

Le workshop d’Ultra-microtomie, organisé en collaboration avec Edge Scientific, proposait une introduction complète au processus d’ultramicrotomie, depuis la préparation des échantillons jusqu’à l’obtention de coupes ultrafines. Les participantes et participants ont pu découvrir les bonnes pratiques qui permettent d’améliorer la qualité des images, et de reconnaître les principaux artefacts courants. Des approches spécialisées pour la préparation d’échantillons polymériques ou fragiles ont également été couvertes.

Deux plages horaires étaient disponibles pour un atelier sur le traitement d’image avec Dragonfly. Les participantes et participants ont pu découvrir les principales fonctionnalités du logiciel Dragonfly à travers des pratiques guidées utilisant une banque d’images 3D hébergées dans le nuage. Les ateliers abordaient notamment le traitement d’image, la segmentation, la visualisation 3D et les premières notions d’analyse assistée par intelligence artificielle, offrant une introduction pratique à ces outils.

Un des étudiants bénévoles, Benjamin Rudski, est un utilisateur expérimenté de Dargonfly 3D World et a donc assisté Jana El Bsat, spécialiste en logiciel chez Comet Technologies Canada à donner l’atelier. Il a particulièrement apprécié l’investissement des participantes et participants lors de l’atelier, et commentait « J’aurais aimé participer à un tel atelier quand j’ai commencé à utiliser Dragonfly, il y a presque 5 ans de cela. C’était un plaisir d’aider et, en cours de route, j’ai même appris de nouveaux outils de Dragonfly que j’espère utiliser dans mes prochaines analyses d’images »

L’École de Technologie Supérieure a accueilli un des ateliers de l’école d’été intitulé Laboratoire de tomographie par rayons X « Cornet YXIon », dédié aux alliages à mémoire de formet et aux systèmes intelligents. Lors de ce laboratoire, deux systèmes de tomodensitométrie (X-ray CT) ont été introduits. L’atelier a permis de faire l’inspection des parties des appareils, le contrôle de procédé rendu possible par une segmentation assistée d’IA et des algorithmes d’analyse quantitative.

Cette école d’été combinait des formations d’introduction, des présentations de pointe et des ateliers pratiques en groupes restreints, permettant aux participantes et participants de développer leurs compétences en microscopie électronique, peu importe leur niveau ou leur discipline principale. Nous avons hâte de vous retrouver pour la prochaine école d’été, à Sherbrooke en 2027.

crédits photos : Owen Egan et Joni Dufour